Liczba rannych leczonych w szpitalu sięgała 660 osób. Chorzy i ranni leżeli w kaplicy przykościelnej, podziemiach kościoła. Przebywali w nim w największej liczbie ranni z postrzałami, po przeprowadzonych amputacjach i z ogólnymi okaleczeniami. Ponadto chorzy na gruźlicę, czerwonkę i z zapaleniem płuc.

Kościół był bombardowany i ostrzeliwany przy pomocy ciężkiej artylerii. 26 sierpnia 1944 r. na kościół spadło 17 bomb. Runęło sklepienie, rozpadł się ołtarz główny, Ze zniszczeń ocalały jedynie pojedyncze fragmenty jego niektórych ścian wraz z niewielką częścią kaplicy Kotowskich. Pod gruzami zginęło około tysiąca osób - pacjentów szpitala i mieszkańców Warszawy, którzy w kościele szukali schronienia.

Do szpitala Niemcy weszli 2 września około 9 godziny rano Zażądali opuszczenia obiektu przez dzieci z sierocińca , lekarzy i siostry szarytki, po czym wycofali się. W szpitalu pozostali ranni i chorzy pod opieką jedynie pielęgniarek i sanitariuszek. Około południa do szpitala wpadli żołnierze wojsk kolaboracyjnych. Rozpoczęli grabież mienia, dochodziło do licznych bestialstw.

Ze szpitala wyprowadzono do punktu zbornego przy parku Traugutta około 60 rannych oraz 8 pielęgniarek i sanitariuszek z pomieszczeń Warszawskiego Towarzystwa Dobroczynnego Do tego punktu zbornego skierowano też 50-80 lżej rannych z innych pomieszczeń kościoła. Na terenie szpitala pozostało około 150 rannych. Wtedy Niemcy przy pomocy miotaczy ognia i granatów wrzucanych do piwnic zaczęli podpalać szpital.

Pielęgniarki i sanitariuszki razem z ks. Franciszkiem Kuleszą zaczęli wyciągać rannych z korytarza WTD, wyniesiono około 120 rannych i chorych. Szybkie rozprzestrzenianie pożaru uniemożliwiło wyniensienie z piwnic rannych.

Ogółem z pacjentów szpitala zginęło ponad 50 osób, z których Niemcy zastrzelili 20, a spłonęło 30 osób.

Źródło: Bożena Urbanek: Pielęgniarki i sanitariuszki w Powstaniu Warszawskim w 1944r., PWN, Warszawa 1988